El doctorado de la Escuela de Arquitectura La Salle es un programa de tercer ciclo adaptado al Espacio Europeo de Educación Superior (EEES) (Proceso Bolonia). Se estructura en dos etapas:

La etapa formación consiste en la realización del Máster Proyecto Integrado de Arquitectura (MPIA), mientras que la etapa investigación consiste en la elaboración de una tesis original y/o relacionada con las líneas y grupos de investigación del programa de doctorado.

A lo largo de las dos etapas, pero sobre todo en la de investigación, se promueve la participación del alumno en las actividades de los grupos de investigación (ARC y IAM), con el fin de fomentar su capacitación y aprendizaje e incidir en su futuro profesional y docente.